Το ΙΕΥΠ ιδρύθηκε το 2014 μετά από συγχώνευση τεσσάρων μονάδων έρευνας. Οι δύο από αυτές βρίσκονται στην Θεσσαλονίκη (Θέρμη και Σίνδο) και οι άλλες δύο στην Αθήνα (Τμήμα Γεωργικής Μηχανικής και Τμήμα Εδαφολογίας). Η διοικητική έδρα του Ινστιτούτου βρίσκεται στη Θέρμη Θεσσαλονίκης.